[Setup]-Setup directryで確認できます。
%APPDATA%\teraterm5
%LOCALAPPDATA%\teraterm5
%USERPROFILE%\Downloads
%LOCALAPPDATA%\teraterm5
\log
%USERPROFILE%\Downloads
\log
C:\Users\[username]\AppData\Roaming\teraterm5
C:\Users\[username]\AppData\Local\teraterm5
C:\Documents and Settings\[username]\AppData\Roaming\teraterm5
C:\Documents and Settings\[username]\Application Data\teraterm5
参考
コマンドラインでファイルをフルパスで指定した場合は、それを優先して使用する
ttermpro.exeは次のように動作する